Cancer colorectal : des virus intégrés à l'ADN de Bacteroides fragilis deux fois plus fréquents chez les patients.

Le microbiote intestinal, c'est-à-dire l'ensemble des micro-organismes présents dans nos intestins, est étudié de près dans le cancer colorectal. Un déséquilibre de cette communauté, appelé dysbiose, est associé à la maladie depuis longtemps. Une équipe de l'hôpital universitaire d'Odense, au Danemark, s'est intéressée à un acteur jusqu'ici peu exploré : les virus qui infectent les bactéries.

Au centre de ses travaux se trouve Bacteroides fragilis. Cette bactérie est présente chez tout le monde et reste inoffensive chez les personnes en bonne santé. Elle est pourtant considérée comme nocive chez les patients atteints d'un cancer colorectal. Une étude danoise antérieure, portant sur les dossiers médicaux de deux millions de personnes, avait déjà suggéré son rôle. Parmi les participants ayant eu une infection sanguine à cette bactérie et un traitement adapté, seule une petite partie avait développé un cancer colorectal six mois plus tard.

Pour comprendre ce double comportement, Flemming Damgaard et ses collègues ont comparé des échantillons de selles de personnes atteintes d'un cancer colorectal et de personnes non atteintes. Ils ont cherché des différences génétiques entre les souches de Bacteroides fragilis.

Les souches issues des patients étaient deux fois plus susceptibles de contenir des prophages. Un prophage est le génome d'un bactériophage, un virus de bactérie, intégré à l'ADN de son hôte. Il peut rester inactif jusqu'à ce que certaines conditions l'activent. Les chercheurs ont aussi identifié une espèce de bactériophage jusqu'alors inconnue.

Pour vérifier leurs observations, ils ont utilisé les données d'une cohorte non danoise de 877 personnes, avec des patients et des témoins en bonne santé. L'association a été retrouvée. Les résultats sont publiés dans la revue Communications Medicine.

C'est la première fois qu'un lien est établi entre l'une des principales bactéries suspectées dans le cancer colorectal et des bactériophages précis. Ce résultat invite à regarder les bactéries de l'intestin comme des populations qui évoluent, parfois sous l'influence de virus, plutôt que comme des éléments fixes.

Les limites sont nettes. L'étude met en évidence une association, pas une relation de cause à effet. Selon le chercheur, on ignore si le virus contribue à la maladie ou s'il signale simplement une autre modification de l'intestin. Une hypothèse est que le prophage change le comportement de la bactérie et rende l'environnement intestinal plus favorable au développement d'un cancer. Elle reste à démontrer.

Il est donc trop tôt pour parler de nouveaux outils de diagnostic ou de traitement. Des études complémentaires sont nécessaires avant toute application en pratique médicale. Ces travaux donnent surtout aux chercheurs une nouvelle piste pour mieux comprendre le rôle du microbiote dans une maladie qui touche près de 50 000 personnes chaque année en France.